海门市地图（海门市地图高清版可放大）

清初，长江主泓南滚，北岸开始涨积，通州东南江域先后涨出40余新沙，绵亘百余里。

通州东部江中的扁担、万盛、杨家等沙最早出水，通州、崇明的农户纷纷上洲垦荒。此后，新的沙洲不断出水，通、崇垦民往往发生争沙纠纷。于是，通州添设州同、崇明添设半洋司巡检，专司沙务。

雍正十三年（1735年）又规定：以大安、戏台等沙为界，以北归通州管，以南为崇明地。其后三十多年，又陆续涨出许多新沙，纠纷更多。江苏巡抚为平息纠纷，于乾隆三十三年（1768年），划设海门直隶厅，治裙带沙，移苏州海防同知驻扎其地。

按嘉庆《海门厅志》，海门厅系割：通州之安庆、南安等十九沙、崇明之半洋、富民等十一沙及续涨之天南沙，共三十一沙所设。并且规定：崇明新涨各沙，归海门厅管辖。至清末，已有四十余沙。其中较为特殊的是吕复沙，因吕四灶民无草可烧，故经营、税收归通州吕四镇，行政、司法权归海门县。

海门厅建立之初，海门尚为岛，且三十一沙各不相联，合计面积九十一万六千多亩。至清末，面积约为二千多平方公里。建立之时，海门人口约一万多，嘉庆十四年（1809年）已有四十四万。清末，已近百万。

乾隆四十年（1775年），海门厅同知徐文灿，在海门厅西北与通州隔江较近处筑堤，堤成，海门与通州之夹江，逐渐变窄，三十一沙在数年内逐渐连为一体。不几年成为通海之界河。

海门厅治裙带沙，修建了官署、学宫、孔庙、武庙、城隍庙、师山书院等建筑。西逐渐发展成茅家镇。

辛亥革命后，海门厅改为海门县，龚世清为首任民政长。民国三年（1914年），归沪海道管辖。民国二十二年（1933年），海门归南通区管辖。

民国二十七年（1938年），日军占领茅家镇，县政府流亡江家镇。次年汪伪海门县公署于原海门厅捐局（民国时为典当）成立，抗战胜利后自行解散。

民国三十八年（1949年）1月，启东、海门全境解放。2月29日，海门县政府由海南区迁入茅家镇办公。

1949年，苏北行署南通专区对通、海、启区划进行了调整：

1、东部由原余东场东北角九锹深沿界河直往南到江边悦和港，约百里，视为海启分界线。

2、西部从通海界河旁新镇，沿通海界河往东至龙游沟口，沿龙游沟往北过二甲镇东侧，再往北往东到海。从新镇、沿通海界河往南过通海镇，再往南、略往西到老洪港止，此为通海分界线。

通过这次调整，将：

原通州东部（含余东盐场、余中盐场）地区划归了海门县。原海门县川港西南七沙五万一千多亩土地划归了南通县。

原海门县的五、六2区（解放后则划为海东、二效、海复、南阳4区）则划归启东县管辖。

1954年9月，王鲍区和三阳区的聚南乡划归启东县管辖。1955年3月，位于头甲海的通兴农场也划归启东县管辖。是时，海门面积有一千二百七十多平方公里。

1975年，海门组织民工围垦永隆沙。不久，永隆沙与上海市长征农场连成一体，成为崇明岛的一部分。

1994年，撤销海门县，以其原辖区域设立海门市，由南通市代管。

2020年7月17日，撤销县级海门市，设立南通市海门区。